Le Fonds de Recherche en Santé Respiratoire et la Fondation du Souffle lancent des appels à projets qui sont systématiquement communs aux deux structures, et sont les seuls appels à projets de portée nationale en pneumologie.
Chaque printemps, un appel à projets dit "blanc" (sans thématique identifiée) intitulé "Formation par la Recherche" a pour objectif de financer le salaire d'étudiants ou de chercheurs pour des masters, des thèses d'université, des séjours postdoctoraux et de mobilité.
Chaque automne, un second appel à projets blanc a pour objectif de soutenir des projets de recherche, de façon générale ("Soutien à la Recherche") ou clinique ("Soutien à la Recherche Clinique"), selon les années.
En fonction des moyens et des partenariats, des projets thématiques peuvent également être lancés.
Tous les types de recherche peuvent être financés : recherche fondamentale, clinique, épidémiologique, anthropologique… pour autant que leur thématique soit respiratoire.
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